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因海关估价而提起的行政诉讼审查，审查的仍然是海关估价中双方的是与非，法院以第三方的角度审查价格质疑、价格磋商、估价告知等阶段的实体和程序的合法性，以及在必要情况下的合理性。因为审查，所以也涉及到举证责任问题，既在行政诉讼推演叙述过去的估价程序，以及程序的合法与否时，谁承担举证责任，去证明自己的叙述属实，自己的定性正确。这个问题的主要依据是《行政诉讼法》以及配套的司法解释意见，集中讲述举证责任的则是最高人民法院颁布的《行政诉讼证据规定》。
举证规则之一：被告承担举证责任。
依据《行政诉讼法》第三十二条、《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国行政诉讼法〉若干问题的解释》第二十六条的规定，在行政诉讼中，作为被告的海关将对其作出的具体行政行为承担举证责任。若被告不提供证据、依据或者无正当理由逾期提供的，应当认定该具体行政行为没有证据、依据，法院可以判决撤销海关估价行为或者判定海关估价行为违法。
这一规则在学术上被称作“举证责任倒置”，关于这个规则，很多行政法著作中都有详细论述，笔者在读研究生期间也曾洋洋洒洒著文上万字进行论述。但读者似乎不需做太深了解，什么罗马法如何规定、德国法如何规定、美国判例如何规定并不重要，只要知道基本的含义和操作思路就够了。
举证规则二：原告承担部分举证责任。
根据最高院《关于执行<中华人民共和国行政诉讼法>若干问题的解释》第二十七条的规定，原告承担的举证责任是：
1、证明起诉符合法定条件，但被告认为原告起诉超过起诉期限的除外；
2、在起诉被告不作为的案件中，证明其提出申请的事实；
3、在一并提起的行政赔偿诉讼中，证明因受被诉行为侵害而造成损失的事实；
4、其他应该由原告承担举证责任的事项。
根据上述规定，对于海关估价行政诉讼而言，当事人只需向法院证明海关的确对自己进出口货物进行了估价就可以了。具体的证据包括进出口资料（合同、发票、仓单、运输合同、提单、报关单等）、海关制发的《价格质疑通知书》、《价格磋商通知书》、《估价告知书》等。
举证规则三：被告在行政程序中无故不提交的证据在行政诉讼提交不得提交。
这一规则的依据是《行政诉讼证据规定》第五十九条：被告在行政程序中依照法定程序要求原告提出证据，原告依法应当提供而拒不提供，在诉讼程序中提供的证据，人民法院一般不予采纳。
这一规则在具体的行政诉讼中经常被被告拿来打击原告，有的案件中原告由于缺乏准备一时张口结舌。其实这一规则有几个限定：被告依照法定程序要求；原告依法应该提供。
以海关估价程序为例，哪些证据企业依法应该提供或者说必须提供？海关在《价格质疑单》中一般有明确要求，也就是前文罗列过的合同、发票、付汇证明、仓单、运输合同等，这些材料是企业从事进出口贸易所必需的，提供出来也没什么大的难度，在实际操作上几乎所有的企业也按照要求提供了，也就是说：完整地履行了法律规定的义务。海关不能利用这个规则无限扩大材料范围，使用“其他所有能够证明真实价格的材料”的说法。在事后的行政诉讼中，一旦企业向法庭提供新的证据，海关就可以以此作为挡箭牌，声称“已经要求企业提供了所有材料，但企业在估价过程中没有提供”，并要求根据这一规则否定企业新的证据。
举证规则四：原告有权举证证明行政机关的具体行政行为违法。
根据《行政诉讼证据规定》，原告可以提供证据证明被诉具体行政行为违法或不当。原告提供的证据不成立的，不免除行政机关作为被告对被诉具体行政行为合法性的举证责任。
通俗地理解这一规则就是：行政机关在行政诉讼中正为证明具体行政行为合法性辛苦举证疲于应付的时候，原告企业落井下石，再从反面提出证据证明行政机关行为违法。也就是说：原告在诉讼中不是坐等，而是积极反击。
在具体的估价诉讼中我曾提交的反击证据主要是企业经过多方努力调取的进出口货物的价格行情，我们把涉案货物近几年的价格画了一条坐标轴，以曲线的方式详细反映出来，证明企业的申报价格在价格的变化区间之内，是合理的，不应该被估价。还有几次我们提交了出口商出具的说明，证明同期向其他长期合作伙伴的销售价格，用以说明国内的这次采购在价格上并没有得到特别照顾。这些证据在实际使用上效果都很好，当然，获取这些证据事先费了很多的精力和经济成本。